Повеќе

Брз и робустен пренослив скрипт со отворен код или алатка за интерполација - триангулација или слично

Брз и робустен пренослив скрипт со отворен код или алатка за интерполација - триангулација или слично


Јас барам некои брза и робусна библиотека/скрипта/алатка за интерполација со отворен код.

Целта е повторно да се интерполира релативно голема (1М+ поени) неструктуирани (xyz) решетки во картезијански решетки со висока резолуција (датотеки tif или друг формат што можам да ги обработувам со GDAL) за да се создадат убави мазни контури.

Досега, единствениот употреблив начин што го најдов е да користам триангулација во saga_cmd, но колку повеќе поени имам, толку е подолго и од некои повисоки број не е завршено дури и по неколку часа, додека ако го сторам истото во друг ГИС софтвер преку GUI, потребно е само секунди до максимум неколку минути.

Сакав да користам ГДАЛ, но иако најблискиот е брз, не ми дава детали што ми требаат и други методи траеја со години дури и за помали бодови ... Не сум сигурен дали/како би можел да користам ТРАСА. Едно од моите барања е тоа решението мора да биде преносливо (досега користев пренослив питон, гдал и сага).

Врз основа на досегашните одговори:

  1. Пример за податоци

  2. gdal_fillnodata е неверојатно брз, но остава скокови, без разлика колку се измазнети, исто и со блиските празнини на SAGA, каде што брзината е многу зависна од прагот на напнатост, колку е поголем, толку побрзо

  3. сите (2 и најблиските) гдални интерполации не се баш соодветни за оваа задача - најблиската само ја зема најблиската вредност (не баш интерполација), просечниот подвиг е за еден чекор подобар, но создава големи чекори несоодветни за контури, IDW е многу тешко да се постави до некои разумни резултати и во секој случај тоа трае премногу долго

  4. досега најдобрите резултати што ги добив с still уште се со триангулација. Автобус како што споменав, потребно е долго време со SAGA за решетки со средна големина, а за големи не успева

Има уште неколку работи што сеуште не сум ги пробал или не сум тестирани правилно:

  • SAGA Затвори ги празнините со спојување
  • python NUMPY и Skipy како што е споменато во оваа тема: Измазнување/интерполација на растер во Пајтон со помош на GDAL?

И двајцата не сум сигурен за брзината и ќе ми биде драго за какво било искуство или подобри предлози. Благодарам


На легендарен достапна е триангулација http://www.cs.cmu.edu/~quake/triangle.html

од страницата:

Ја темпирав триагулацијата на Delaunay од 1.000.000 темиња подеднакво случајно распределена на квадрат. Излезот содржеше 1.999.955 триаголници. (Го користев прекинувачот -I за да го потиснам препишувањето на влезните темиња во друга датотека, бидејќи темињата напишани ќе бидат идентични со оние што се читаат. Оттука, само триаголниците се напишани на дискот.) Време на триаголација на Delaunay: 20.761 сек Време на излез на датотека : 28,794 сек Вкупно време (над плус внесување датотека): 56,115 сек

Ова е преведено во библиотека на питон според http://dzhelil.info/triangle/index.html# која вклучува документација, преземете https://pypi.python.org/pypi/triangle/2013.04.05 - забелешка, овие врските може да станат мртви како што се менува верзијата. Ги најдов со google за помалку од 10 минути.


Во сагата, проверете дали ги читате вашите податоци како точка на облак "Увези точка на облак од текстуална датотека"и обработете го како точка на облак:Посочете облак до мрежа. Ова треба да биде многу побрзо отколку да се користи форма. Последниот чекор може да бидезатвори празниниза пополнување на сите вредности без податоци.

Не би препорачал да користите триангулација ако сакате само мрежа. алгоритмот трае долго и не е подобар од другите.


Никогаш не сум ја користел алатката, нопоени2мрежабеше дизајнирана да биде лесна алатка за интерполирање на големи точки на податоци во структурирана мрежа. Се наоѓа на неколку места:

  • ASU / GEON Points2Grid Utility, алатка само за Windows, и мислам дека прва што го имплементираше алгоритмот. Не е ажурирано од 2007 година.
  • Points2grid на NSF OpenTopography, со поврзана објава на блог што се повикува на алатката GEON.
  • Поени на CRREL2, што може да се поврзе со PDAL. Ова е тековната верзија на алатката и е вилушка на алатката OpenTopography. За да го користите потребно е знаење за составување со CMake или инсталирање со OSGeoW4.

Конечно, за да креирате контури, обидете се да користите gdal_contour со интерполираниот растер.


Завршив со користење на Python со GDAL и сл., Бидејќи лесно се инсталира и после тој преносен пакет при инсталирање на QGIS OSGeo4W. Matplotlib - matplotlib.mlab.griddata (интерп = 'линеарна') за супербрза интерполација во редовна мрежа. На таа конзерва со примена matplotlib.pyplot.contour до многу брзо контурирање. Пакување osgeo.ogr и снажен за зачувување во ГИС формати. Јадрото на мојот код беше огромно инспирирано од додатокот за Python QGIS наречен „Contour plugin“-https://github.com/ccrook/QGIS-Contour-Plugin (приклучок изграден од Лионел Рубери. Придонеси од Крис Крук)


Брз и робустен преносен скрипт со отворен код или алатка за интерполација - триангулација или слично - Географски информациони системи

Софтвер, 2002, 149 (1), 3-17. 3. DiBona, C., Cooper, D., and Stone, M. (Eds.), Open Sources 2.0, 2005, O’Reilly Media, Sebastopol, CA. Видете исто така, C. DiBona, S. Ockman и M. Stone (Eds.). Отворени извори: Гласови од Револуцијата со отворен код, 1999. O ’Reilly Media, Себастопол, Калифорнија. 4. Душен, Н

Конг, Труонг Ван Ши Гроневелд, Аилдерт

Сложените информациски системи со отворен код обично се имплементираат како софтвер базиран на компоненти за да ја наследат достапната функционалност на постојните софтверски пакети развиени од трети страни. Следствено, распоредувањето на овие системи не само што бара инсталација на оперативен систем, рамка за апликации и конфигурација на услугите, туку исто така треба да ги реши зависностите меѓу компонентите. Проблемот станува попредизвикувачки кога апликацијата мора да се инсталира и користи на различни платформи, како што се Linux и Windows. За да се реши ова, се предлага и дискутира во овој труд ефикасен пристап со користење на технологијата за виртуелизација. Пристапот се применува во нашиот проект за распоредување интегриран информациски систем базиран на веб во лаборатории за молекуларна генетика. Тоа е ефтино решение за корист и за развивачите на софтвер и за крајните корисници. ПМИД: 22102770

Аријас, Каролина Бровели, Марија Антонија Морено, Рафаел

Ние сме во ера кога водните ресурси се с scar поретки и влијанијата на човечките активности врз нив се сеприсутни. Овие проблеми не ги почитуваат административните или политичките граници и тие мора да се решат со интегрирање на информации од повеќе извори во повеќе просторни и временски размери. Комуникацијата, координацијата и споделувањето податоци се клучни за решавање на прашањата за зачувување и управување со водата во 21 век. Меѓутоа, различни земји, провинции, локални власти и агенции кои се занимаваат со водни ресурси имаат разновидни организациски, социо-културни, економски, еколошки и информатички технологии (ИТ) контексти што предизвикуваат предизвици за создавање на информациски системи способни за интегрирање и дистрибуција на информации низ нивните области на одговорност на ефикасен и навремен начин. Тесни и различни финансиски ресурси и различна информатичка инфраструктура (податоци, хардвер, софтвер и експертиза за персонал) дополнително го отежнуваат создавањето на овие системи. Постои итна потреба за дистрибуирани интероперабилни информациони системи за вода што се лесни за корисниците, лесно достапни и способни да управуваат и споделуваат голем обем на просторни и не-просторни податоци. Во дистрибуиран систем, податоците и процесите се креираат и одржуваат на различни локации, секоја со конкурентни предности за извршување на специфични активности. Отворените податоци (податоци што можат слободно да се дистрибуираат) се достапни во доменот на водата и треба дополнително да се промовираат низ земјите и организациите. Усогласеноста со отворените спецификации за собирање, складирање и дистрибуција на податоци е првиот чекор кон создавање на системи кои се способни да комуницираат и разменуваат податоци на беспрекорен (интероперабилен) начин. Карактеристиките на бесплатниот софтвер со отворен код (FOSS) нудат ниска цена за пристап што ја олеснува приспособливоста и долгорочната одржливост на информатичките системи. World Wide Web (Интернет) ќе биде платформа по избор за распоредување и пристап до овие системи

Багајоко, Чеик-Омар Дуфур, Jeanан-Шарл Чаачо, Саад Бухаду, Омар Фиески, Мариус

Во моментов сме сведоци на значително зголемување на употребата на алатки со отворен код во областа на здравјето. Нашата студија има за цел да го истражи потенцијалот на овие софтверски пакети за земјите во развој. Нашиот експеримент беше спроведен во Центарот Hospitalier Mere Enfant во Мали. По прегледот на неколку алатки со отворен код во областа на болничките информациони системи, софтверот Mediboard беше избран за нашата студија. За да се обезбеди комплетноста на Mediboard во однос на функционалноста потребна за болничкиот информативен систем, неговите карактеристики беа споредени со оние на добро дефинирана сеопфатна алатка за управување со записи, формирана во Универзитетската болница „Ла Тимоне“ во Марсеј во Франција. Потоа беше инсталиран на два сервери на Линукс: прв сервер за тестирање и валидација на различни модули, и втор за распоредена целосна имплементација. По неколкумесечна употреба, ги оценивме аспектите на употребливост на системот, вклучувајќи повратни информации од крајните корисници преку прашалник. Првичните резултати го покажаа потенцијалот на Отворен код во областа на здравствената ИТ за земјите во развој како Мали. Пет главни модули се целосно имплементирани: управување со административни и медицински досиеја на пациенти во болнички активности, следење на активностите на лекарите, управување со инфраструктурата и системот за наплата . Оваа последна компонента на системот е целосно развиена од локалниот тим на Мали. Евалуацијата покажа дека системот е широко прифатен од сите корисници кои учествуваа во студијата. 77% од учесниците сметаат дека системот е корисен 85% сметаат дека е лесен 100% од нив веруваат дека системот ја зголемува веродостојноста на податоците. Истиот дел поттикнува продолжување на експериментот и негово проширување низ болницата. Со оглед на резултатите, можеме да заклучиме дека целта на нашата студија е постигната. Сепак, важно е да се земат предвид препораките и предизвиците дискутирани овде за да се избегнат неколку потенцијални замки специфични за контекстот на

Позадина Во моментов сме сведоци на значително зголемување на употребата на алатки со отворен код во областа на здравјето. Нашата студија има за цел да го истражи потенцијалот на овие софтверски пакети за земјите во развој. Нашиот експеримент беше спроведен во Центарот Hospitalier Mere Enfant во Мали. Методи По прегледот на неколку алатки со отворен код во областа на болничките информациски системи, софтверот Mediboard беше избран за нашата студија. За да се обезбеди комплетноста на Mediboard во однос на функционалноста потребна за болничкиот информативен систем, неговите карактеристики беа споредени со оние на добро дефинирана сеопфатна алатка за управување со записи, формирана во Универзитетската болница „Ла Тимоне“ во Марсеј во Франција. Потоа беше инсталиран на два Linux сервери: прв сервер за тестирање и валидација на различни модули, и втор за распоредена целосна имплементација. По неколкумесечна употреба, ги оценивме аспектите на употребливост на системот, вклучувајќи повратни информации од крајните корисници преку прашалник. Резултати Првичните резултати го покажаа потенцијалот на Отворен код во областа на здравствената ИТ за земјите во развој како Мали. Пет главни модули се целосно имплементирани: управување со пациенти со административни и медицински досиеја на болнички активности, следење на активностите на лекарите, управување со инфраструктурата и системот за наплата. Оваа последна компонента на системот е целосно развиена од локалниот тим на Мали. Евалуацијата покажа дека системот е широко прифатен од сите корисници кои учествуваа во студијата. 77% од учесниците сметаат дека системот е корисен 85% сметаат дека е лесен 100% од нив веруваат дека системот ја зголемува веродостојноста на податоците. Истиот дел поттикнува продолжување на експериментот и негово проширување низ болницата. Заклучоци Со оглед на резултатите, можеме да заклучиме дека целта на нашата студија е постигната. Сепак, важно е да се земат предвид препораките и предизвиците што се дискутирани овде за да се избегнат неколку

Библиотеката Дариен, каде авторот служи како шеф за услуги за знаење и учење, отвори нова веб -страница на 1 септември 2008 година. Веб -страницата е изградена со Друпал, систем за управување со содржини со отворен код (CMS). Во оваа статија, авторката опишува како таа и нејзините колеги ја реконструирале веб -страницата на библиотеката за да обезбедат содржина со отворен код…

С Incre повеќе, колеџите и универзитетите се свртуваат кон отворен код како начин за задоволување на нивната технолошка инфраструктура и потреби за апликација. Отворениот код го промени животот на визионерските ЦИО и нивните кампус заедници на национално ниво. Авторот дискутира за она што овие технолози го гледаат како придобивки-и размислувањата.

Пирхади, Сомајеј Сунсери, ocоселин Коес, Дејвид Рајан

Успехот на молекуларното моделирање и напорите за пресметковна хемија, по дефиниција, зависат од квалитетни софтверски апликации. Развојот на софтвер со отворен код обезбедува многу предности за корисниците на моделирање на апликации, од кои не е најмалку важно што софтверот е бесплатен и целосно проширлив. Во овој преглед ние категоризираме, набројуваме и опишуваме достапни софтверски пакети со отворен код за молекуларно моделирање и пресметковна хемија. ПМИД: 27631126

Алварсон, onatонатан Андерсон, Клејс Спјут, Ола Ларсон, Ролф Викберг, arарл Е.

Сложеното профилирање и скринингот за лекови генерира голема количина на податоци и генерално се базира на анализи на микро плочи. Тековните информациски системи што се користат за справување со ова се главно комерцијални, затворени извори, скапи и тешки и има потреба од флексибилен лесен отворен систем за ракување со дизајн на плочи и валидација и подготовка на податоци. Конструиран е приклучок Bioclipse кој се состои од клиентски дел и релациона база на податоци. Внатре во Биоклипсот беше имплементиран интерфејс за поставување на плочи со повеќе чекори со точка и клик. Системот содржи чекор за валидација на податоци, каде што може да се отстранат подалечните вредности, и конечно извештај на плоча со сите релевантни пресметани податоци, вклучително и криви доза-одговор. Брун е способен да се справува со податоците од анализите на микро плочи. Може да создаде криви на доза-одговор и да пресмета IC50 вредности. Користењето систем од ваков вид ја олеснува работата во лабораторија. Способноста за повторна употреба на веќе изградените плочи и распоред на плочи со започнување од претходниот чекор во процесот на дизајнирање на распоредот на плочите заштедува време и ги намалува изворите на грешки.

Некои хидролошки сетови на податоци, како што се климатологијата на сливот, врнежите и складирањето на копнената вода, не се лесно достапни и дистрибуирани поради нивната големина и сложеност. Ви го претставуваме Хидролошкиот информативен портал (HIP) кој е имплементиран на Универзитетот за Калифорнија за хидролошко моделирање (UCCHM) и кој е организиран околу големите речни басени во Северна Америка. Овој портал може лесно да се пристапи преку модерен веб прелистувач кој овозможува лесен пристап и визуелизација на вакви хидролошки сетови на податоци. Некои од главните карактеристики на нашиот HIP вклучуваат збир на карактеристики за визуелизација на податоци, така што корисниците можат да пребаруваат, преземаат, анализираат, интегрираат, организираат и мапираат податоци во големи речни сливови. Неодамнешните информатички технологии како што се Google Maps, Tornado (асинхрон веб сервер на Python), NumPy/SciPy (Научна библиотека за Python) и d3.js (библиотека за визуелизација за JavaScript) беа инкорпорирани во HIP за да се создаде леснотија при навигација по големи сетови на податоци. Со вакви библиотеки со отворен код, ХИП може да им даде на јавните корисници начин да комбинираат и истражуваат различни множества податоци со генерирање на повеќе типови на графикони (Линија, ленти, пити, расфрлања) директно од прегледот на „Карти на Google“. Секој рендериран објект како што е обликот на сливот на прегледот може да се кликне, и ова е првиот чекор за пристап до визуелизација на множествата податоци.

Позадина Објектите за скрининг со висок пропусен капацитет за заедничка употреба (ХТС) стануваат се почести во академијата бидејќи се прифаќаат стратегии за скрининг на мали молекули и геноми од РНАи за основни истражувачки цели. Овие заеднички капацитети бараат единствена информатичка инфраструктура која не само што мора да обезбеди пристап до и анализа на податоците од скринингот, туку мора да управува и со административните и техничките предизвици поврзани со спроведување на бројни, меѓусебно скрининг напори водени од повеќе независни истражувачки групи. Резултати Ние развивме Screensaver, бесплатен, софтвер со отворен код, веб-базиран систем за управување со информации за лаборатории (LIMS), за да ги задоволи информатичките потреби на нашата мала молекула и RNAi скрининг објектот. Скринсејвер поддржува складирање и споредба на сетови на податоци за скрининг, како и управување со информации за екрани, скринери, библиотеки и барања за лабораториска работа. Според нашите сознанија, Скринсејвер е една од првите апликации што поддржува складирање и анализа на податоци и од проекти за скрининг на РНАи од геном и од проекти за скрининг на мали молекули. Заклучоци Информатиката и административните потреби на HTS објект може најдобро да се управуваат со единствена, интегрирана, веб-пристапна апликација, како што е Screensaver. Скринсејверот се покажа како корисен во исполнувањето на барањата на ICCB-Longwood/NSRB Screening Facility на Медицинскиот факултет Харвард и обезбеди слични придобивки за другите HTS капацитети. ПМИД: 20482787

Толопко, Ендрју Н Саливен, Pон П Ериксон, Шон Д Вробел, Дејвид Чианг, Су Л Руднички, Катрина Руднички, Стјуарт Нејл, ennенифер Селфорс, Лаура М Гринхаус, Дара Мулих, remереми Л Шаму, Каролина Е

Објектите за скрининг со висока пропусна моќ со заедничка употреба (ХТС) стануваат се почести во академијата бидејќи се прифаќаат стратегии за скрининг на мали молекули и геноми од големи размери за основни истражувачки цели. Овие заеднички капацитети бараат единствена информатичка инфраструктура која не само што мора да обезбеди пристап до и анализа на податоците од скринингот, туку мора да управува и со административните и техничките предизвици поврзани со спроведување на бројни, меѓусебно скрининг напори водени од повеќе независни истражувачки групи. Ние развивме Screensaver, бесплатен, софтвер со отворен код, веб-базиран систем за управување со информации (LIMS), за да ги задоволи информатичките потреби на нашата мала молекула и RNAi скрининг објект. Скринсејвер поддржува складирање и споредба на сетови на податоци за скрининг, како и управување со информации за екрани, скринери, библиотеки и барања за лабораториска работа. Според нашите сознанија, Скринсејвер е една од првите апликации што поддржува складирање и анализа на податоци од проекти за скрининг на РНАи од геном и проекти за скрининг на мали молекули. Информатичките и административните потреби на HTS објект може најдобро да се управуваат со единствена, интегрирана, веб-пристапна апликација, како што е Screensaver. Скринсејвер се покажа како корисен во исполнувањето на барањата на ICCB-Longwood/NSRB Screening Facility на Медицинскиот факултет Харвард и обезбеди слични придобивки за другите HTS капацитети.

Бенду, Хочин Сизани, Лунга Рид, Тим Свенепул, Кармен Адемуива, Толувалеке Мерино-Мартинез, Роксана Мелер, Хајмо Абајоми, Акин Кристофелс, Алан

Лабораторискиот систем за управување со информации (LIMS) е од централно значење за информатичката инфраструктура што ги заснова активностите на биобанкарството.До денес, достапен е широк спектар на комерцијални и софтвер со отворен код LIMS и одлуката да се избере еден LIMS над друг е често под влијание на потребите на клиентите и истражувачите на биобанката, како и достапните финансиски средства. Baobab LIMS беше развиен со прилагодување на софтверот Bika LIMS (www.bikalims.org) за да ги исполни барањата за најдобрите практики на биобанкарство. Потребата да се имплементираат стандардни процедури за работа на биобанка, како и да се стимулира употребата на стандарди за прикажување податоци на биобанка, ја мотивираше имплементацијата на Baobab LIMS, LIMS со отворен код за биобанкарство. Baobab LIMS се состои од модули за склопување на комплет за биоспецимен, испорака на комплети за биоспецимен, управување со складирање, барања за анализа, известување и фактурирање. Baobab LIMS се базира на рамката за управување со веб-содржина Plone. Сите системски барања за Plone се применливи за Baobab LIMS, вклучувајќи ја и потребата за сервер со најмалку 8 GB RAM и 120 GB простор на хард дискот. Baobab LIMS е систем базиран на сервер-клиент, при што крајниот корисник може безбедно да пристапи до системот преку Интернет преку стандарден веб-прелистувач, со што се елиминира потребата за самостојни инсталации на сите машини.

Бенду, Хочин Сизани, Лунга Рид, Тим Свенепул, Кармен Адемуива, Толувалеке Мерино-Мартинез, Роксана Мелер, Хајмо Абајоми, Акин

Лабораторискиот систем за управување со информации (LIMS) е од централно значење за информатичката инфраструктура што ги заснова активностите на биобанкарството. До денес, достапен е широк спектар на комерцијални и софтвер со отворен код LIMS и одлуката да се избере еден LIMS над друг е често под влијание на потребите на клиентите и истражувачите од биобанката, како и достапните финансиски средства. Baobab LIMS беше развиен со прилагодување на софтверот Bika LIMS (www.bikalims.org) за да ги исполни барањата за најдобрите практики на биобанкарство. Потребата да се имплементираат стандардни процедури за работа на биобанка, како и да се стимулира употребата на стандарди за прикажување податоци на биобанка, ја мотивираше имплементацијата на Baobab LIMS, LIMS со отворен код за биобанкарство. Baobab LIMS се состои од модули за склопување на комплети за биоспецимен, испорака на комплети за биоспецимен, управување со складирање, барања за анализа, известување и фактурирање. Baobab LIMS се базира на рамката за управување со веб-содржина Plone. Сите системски барања за Plone се применливи за Baobab LIMS, вклучувајќи ја и потребата за сервер со најмалку 8 GB RAM и 120 GB простор на хард дискот. Baobab LIMS е систем базиран на сервер-клиент, при што крајниот корисник може безбедно да пристапи до системот преку Интернет преку стандарден веб-прелистувач, со што се елиминира потребата за самостојни инсталации на сите машини. ПМИД: 28375759

Гастелум, Зои Н. Витни, Пол Д. Вајт, Аманда М.

Пацифичката северозападна национална лабораторија помина неколку години во истражување, развој и валидација на големи модели на Бејесова мрежа за поддршка на интеграцијата на сетови на податоци со отворен код за истражување на нуклеарно ширење. Нашата актуелна работа се фокусира на генерирање сет меѓусебно поврзани модели за проценка на нуклеарните програми со повеќе извори, за разлика од единствениот сеопфатен модел. Користејќи го овој пристап, можеме да ги разложиме моделите за да опфатиме логички под-проблеми кои можат да користат различна експертиза и извори на податоци. Овој пристап им овозможува на истражувачите да ги користат моделите поединечно или во комбинација за откривање и карактеризирање на нуклеарна програма и идентификување на празнини во податоците. Моделите функционираат повеќе »на различни нивоа на грануларност, опфаќајќи комбинација од проценки на државно ниво со подетални модели на карактеристики на локацијата или објектот. Овој труд ќе ги опише сегашните модели со отворен код, управувани со нуклеарна нуклеарна распространетост, добрите и лошите страни на аналитичкиот пристап и областите за дополнителни истражувања. «Помалку

Триплет, Томас Батлер, Григориј

Во многу лаборатории, истражувачите складираат експериментални податоци на сопствена работна станица користејќи табеларни пресметки. Сепак, овој пристап поставува голем број проблеми, почнувајќи од споделување прашања до неефикасно рударство на податоци. Стандардните табели исто така се склони кон грешки, бидејќи податоците не подлежат на никаков процес на валидација. За да се надминат табеларните ограничувања, се развиени голем број сопственички системи, за кои лабораториите треба да платат скапи такси за лиценца. Тие трошоци се обично забрани за повеќето лаборатории и ги спречуваат научниците да имаат корист од пософистицирани системи за управување со податоци. Во овој труд, ние го предлагаме EnzymeTracker, веб-базиран лабораториски систем за управување со информации за следење на примероци, како отворена и флексибилна алтернатива која има за цел да го олесни внесувањето, ископувањето и споделувањето експериментални биолошки податоци. EnzymeTracker има онлајн табеларни пресметки и алатки за следење на бројни експерименти спроведени од неколку соработници за идентификување и карактеризирање примероци. Исто така, обезбедува библиотеки со споделени податоци, како што се протоколи и административни алатки за контрола на пристапот до податоци користејќи Отворен ИД и управување со корисник/тим. Нашиот систем се потпира на систем за управување со бази на податоци за ефикасно индексирање и управување со податоци и кориснички интерфејс AJAX до кој може да се пристапи преку Интернет. EnzymeTracker го олеснува внесувањето податоци со тоа што динамично сугерира записи и обезбедува паметни алатки за рударство податоци за ефикасно преземање податоци. Нашиот систем се одликува со голем број алатки за визуелизација и прибелешка на експериментални податоци и извезување на приспособливи извештаи. Исто така, поддржува баркодирање со QR матрица за да се олесни следењето на примерокот. EnzymeTracker е дизајниран да биде лесен за употреба и нуди многу придобивки во однос на табеларните табели, со што се прикажани карактеристиките потребни за да се олесни прифаќањето од страна на научната заедница. Успешно се користи 20 месеци дневно од над 50 научници. EnzymeTracker е слободно достапен преку Интернет на http

Позадина Во многу лаборатории, истражувачите чуваат експериментални податоци на сопствена работна станица користејќи табеларни пресметки. Сепак, овој пристап поставува голем број проблеми, почнувајќи од споделување прашања до неефикасно рударство на податоци. Стандардните табели исто така се склони кон грешки, бидејќи податоците не подлежат на никаков процес на валидација. За да се надминат табеларните ограничувања, се развиени голем број сопственички системи, за кои лабораториите треба да платат скапи такси за лиценца. Тие трошоци се обично забрани за повеќето лаборатории и ги спречуваат научниците да имаат корист од пософистицирани системи за управување со податоци. Резултати Во овој труд, ние го предлагаме EnzymeTracker, веб-базиран лабораториски систем за управување со информации за следење на примероци, како отворена и флексибилна алтернатива која има за цел да го олесни внесувањето, ископувањето и споделувањето експериментални биолошки податоци. EnzymeTracker има онлајн табеларни пресметки и алатки за следење на бројни експерименти спроведени од неколку соработници за идентификување и карактеризирање примероци. Исто така, обезбедува библиотеки со споделени податоци, како што се протоколи и административни алатки за контрола на пристапот до податоци користејќи Отворен ИД и управување со корисник/тим. Нашиот систем се потпира на систем за управување со бази на податоци за ефикасно индексирање и управување со податоци и кориснички интерфејс AJAX до кој може да се пристапи преку Интернет. EnzymeTracker го олеснува внесувањето податоци со тоа што динамично сугерира записи и обезбедува паметни алатки за рударство податоци за ефикасно преземање податоци. Нашиот систем се одликува со голем број алатки за визуелизација и прибелешка на експериментални податоци и извезување на приспособливи извештаи. Исто така, поддржува баркодирање со QR матрица за да се олесни следењето на примерокот. Заклучоци EnzymeTracker беше дизајниран да биде лесен за употреба и нуди многу придобивки во однос на табеларните табели, со што се прикажани карактеристиките потребни за да се олесни прифаќањето од страна на научната заедница. Успешно се користи 20 месеци дневно од над 50 научници. EnzymeTracker е

Парк, Јунгкап Пиеховски, Пол Д. Вилкинс, Кристофер

Протеомиката од горе надолу вклучува анализа на недопрени протеини. Овој пристап е многу привлечен бидејќи овозможува анализирање на протеините во нивната ендогена форма без протеолиза, зачувување на вредни информации за пост-преведувачки модификации, изоформи, протеолитичка обработка или нивни комбинации колективно наречени протеоформи. Покрај тоа, квалитетот на податочните сетови LC-MS/MS од врвот надолу брзо се зголемува поради напредокот во течната хроматографија и инструментацијата за масена спектрометрија и протоколите за обработка на примероци. Сепак, спектарот на маси од горе надолу се значително посложени во споредба со поконвенционалните податоци од дното нагоре. За целосно искористување на зголемениот квалитет на збирките на податоци од врвот надолу LC-MS/MS, итно е потребно »да се развијат алгоритми и софтверски алатки за сигурна протеоформна идентификација и квантификација. Во оваа студија презентираме нов пакет софтвер со отворен код за анализа на протеомика од горе надолу, кој се состои од алгоритам за пронаоѓање на карактеристика LC-MS, алгоритам за пребарување бази на податоци и прегледувач на интерактивни резултати. Презентираната алатка, заедно со неколку други популарни алатки, беа оценети со примероци на луминални и базални тумори на ксенографт од човек-во-глушец, за кои се знае дека имаат значителни разлики во изобилството на протеини врз основа на анализата од дното нагоре. «Помалку

Комитет за економски развој, 2006 година

Дигитализацијата на информациите и интернетот длабоко го проширија капацитетот за отвореност. Овој извештај ги детализира придобивките од отвореноста во три области-отворени стандарди, софтвер со отворен код и отворени иновации-и ги испитува главните прашања во дебатата дали отвореноста треба да се поттикне или не. Во извештајот се објаснува секој од овие…

Французи, Н. Х. Ериксон, Т. Мекензи, Д.

Главна цел на Северноамериканската програма за јаглерод е да се решат неизвесностите во разбирањето и управувањето со циклусот на јаглерод во Северна Америка. Како што алатките за моделирање на јаглерод стануваат сеопфатни и просторно ориентирани, потребни се точни групи на податоци за просторно квантифицирање на емисиите на јаглерод од пожар, и овие извори на податоци треба да бидат достапни за корисниците за донесување одлуки. Според новиот проект на НАСА за наука за карбонскиот циклус, д -р. Ненси Френч и Тајлер Ериксон, од Технолошкиот универзитет во Мичиген, Технолошкиот институт за истражување во Мичиген (МТРИ), се здружуваат со специјалисти со тимот на USDA Forest Service Fire and Environmental Research Applications (FERA) за да обезбедат информации за мапирање на емисиите на јаглерод од огнот на корисниците . Фокусот на проектот вклучува развој на веб-базиран систем за да се обезбедат просторно решени проценки на емисиите на пожар за Северна Америка во средина погодна за корисникот. Веб-системот за поддршка на одлуки ќе се базира на различни технологии со отворен код. Растерската карта на горива за карактеристични класификациски системи за гориво и векторски карти од изгорена површина од МОДИС ќе се обработуваат со помош на библиотеката за апстракција на географски податоци (ГДАЛ) и библиотека за едноставни карактеристики на ОГР. Табеларни и просторни податоци за проектот ќе бидат зачувани во PostgreSQL/PostGIS, просторно овозможен релационен сервер за бази на податоци. Корисничкиот интерфејс базиран на прелистувач ќе се креира со помош на рамката на веб-страницата Django за да се овозможи корисничко внесување за системот за поддршка на одлуки. Рамката за мапирање „Отворени слоеви“ ќе се користи за да им обезбеди на корисниците интерактивни мапи во прелистувачот. Покрај тоа, податочните производи ќе бидат достапни во стандардни формати за отворени податоци, како што е KML, за да се овозможи лесна интеграција во други просторни модели и системи за податоци.

Вудкок, Р. Кокс, С.Ј. Фрејзер, Р. Вајборн, Л.А.

Од 2005 година австралиската влада поддржува серија иницијативи што им овозможуваат на истражувачите пристап до главните истражувачки капацитети и информативни мрежи неопходни за истражување од светска класа. Почнувајќи со Националната стратегија за кооперативна истражувачка инфраструктура (NCRIS), австралиската заедница за наука за земјата воспостави интегриран национален инфраструктурен систем за геонаука наречен AuScope. AuScope сега е во функција, обезбедувајќи голем број компоненти за да помогнат во разбирањето на структурата и еволуцијата на австралискиот континент. Тие вклучуваат стекнување на подземни слики, составот на земјата и анализа на возраста, виртуелна библиотека за вежбање, симулација на геолошки процеси и геопросторна референтна рамка со висока резолуција. За да ги собере информациите од целата научна заедница на Земјата во академијата, индустријата и владата, AuScope вклучува национално дистрибуирана информативна инфраструктура. Бесплатниот софтвер и софтвер со отворен код (FOSS) беше значаен овозможувач во изградбата на заедницата AuScope и обезбедување на опсег на интероперативни услуги за пристап до податоци и научен софтвер. Создадени се, усвоени или надградени голем број компоненти на FOSS за да се создаде кохерентна, Стак информативна услуга, компатибилна со OGC (SISS). SISS сега е распореден во сите австралиски геолошки истражувања, многу универзитети и CSIRO. Составувајќи сет на OGC каталог и услуги за податоци, и зголемени со нов вокабулар и услуги за идентификација, SISS обезбедува сеопфатен пакет за организациите да придонесат со нивните податоци во мрежата AuScope. Ова пакување и разновидни активности за тестирање и документација на софтвер овозможија поголема доверба и значително ги намалија бариерите за посвојување. Изборот на FOSS беше важен, не само за техничката способност и цврстина, туку и за соодветни лиценци и модели на заедницата за да се обезбеди одржливост на инфраструктурата на долг рок. Владините агенции беа чувствителни на овие прашања и Ау

Пирхади, Сомајеј Сунсери, ocоселин Коес, Дејвид Рајан

Успехот на молекуларното моделирање и напорите за пресметковна хемија, по дефиниција, зависат од квалитетни софтверски апликации. Развојот на софтвер со отворен код обезбедува многу предности за корисниците на моделирање на апликации, од кои не е најмалку важно што софтверот е бесплатен и целосно проширлив. Во овој преглед ние категоризираме, набројуваме и опишуваме достапни софтверски пакети со отворен код за молекуларно моделирање и пресметковна хемија. Ажурирана онлајн верзија на овој каталог може да се најде на https://opensourcemolecularmodeling.github.io. Авторски права © 2016 Авторот (ите). Објавено од Elsevier Inc. Сите права се задржани.

Анзалоне, raералд Си Гловер, Александра Г. Пирс, oshошуа М.

Високата цена на софистицираните сензори и алатки поврзани со истражувањето го ограничи нивното усвојување на релативно мала група добро финансирани истражувачи. Овој труд дава методологија за примена на пристап со отворен код за дизајн и развој на колориметар. Се дискутира 3-Д-от за печатење, колориметар со отворен код кој користи само хардверски и софтверски решенија со отворен код и лесно достапни дискретни компоненти и неговите перформанси во споредба со комерцијален пренослив колориметар. Перформансите се оценуваат со комерцијални вијали подготвени за методот на затворена рефлуксна хемиска побарувачка на кислород (КОД). Овој пристап ги намали трошоците за сигурен затворен рефлукс COD за два реда на големина, што ја прави економска алтернатива за огромното мнозинство потенцијални корисници. Колометарот со отворен код покажа добра репродуктивност и служи како платформа за понатамошен развој и изведување на дизајнот за други, слични цели, како што е нефелометријата. Овој пристап ветува невиден пристап до софистицирани инструменти базирани на ефтини сензори од оние на кои им е најпотребна, неразвиени и светски лаборатории во развој. ПМИД: 23604032

Лахан, Шахин Е. hунхунвала, Кавита

Образовните институции побрзаа да ги стават своите академски ресурси и услуги преку Интернет, започнувајќи ја глобалната заедница на заедничка платформа и будејќи го интересот на инвеститорите. И покрај постојаните технички предизвици, онлајн образованието покажува големо ветување. Софтверот со отворен код нуди еден пристап за решавање на техничките проблеми во…

Гох, Дион Лујт, Брендан Чуа, Алтон Ји, Види-Јонг Пох, Киа-Нгох Нг, Хау-Ју

Порталите станаа неопходни за организации од сите видови кои се обидуваат да се воспостават на Интернет. За жал, имаше само неколку евалуативни студии за софтвер за портали и уште помалку софтвер за портали со отворен код. Оваа студија има за цел да додаде на достапната литература во оваа важна област со предлагање и тестирање на список за проверка за…

Анзалоне, raералд Ц Гловер, Александра Gи Пирс, oshошуа М

Високата цена на софистицираните сензори и алатки поврзани со истражувањето го ограничи нивното усвојување на релативно мала група добро финансирани истражувачи. Овој труд дава методологија за примена на пристап со отворен код за дизајн и развој на колориметар. Се дискутира 3-Д-от за печатење, колориметар со отворен код кој користи само хардверски и софтверски решенија со отворен код и лесно достапни дискретни компоненти и неговите перформанси во споредба со комерцијален пренослив колориметар. Перформансите се оценуваат со комерцијални вијали подготвени за методот на затворена рефлуксна хемиска побарувачка на кислород (КОД). Овој пристап ги намали трошоците за сигурен затворен рефлукс COD за два реда на големина, што ја прави економска алтернатива за огромното мнозинство потенцијални корисници. Колометарот со отворен код покажа добра репродуктивност и служи како платформа за понатамошен развој и изведување на дизајнот за други, слични цели, како што е нефелометријата. Овој пристап ветува невиден пристап до софистицирани инструменти базирани на ефтини сензори од оние на кои им е најпотребна, неразвиени и светски лаборатории во развој.

Реј-Мартинез, Хорхе Перез-Фернандез, Николас

Предложената цел за валидација од 0,9 во коефициентот на меѓусебна корелација беше постигната со резултатите од оваа студија. Со добиените резултати сметаме дека развиениот софтвер (RombergLab) е валидиран софтвер за проценка на билансот. Веродостојноста на овој софтвер зависи од техничките спецификации на користената платформа за сила. Развијте и потврдете постурографски софтвер и споделете го неговиот изворен код во услови со отворен код. Потенцијална не-рандомизирана студија за валидација: 20 последователни возрасни беа подложени на два теста за проценка на рамнотежата, шест постурографија на состојбата беа извршени со помош на клинички одобрена софтверска и платформа за сила и истите услови беа измерени со помош на новиот развиен софтвер со отворен код, користејќи платформа со ниска цена. Интра-класниот индекс на корелација на површината на нишање добиен од центарот на варијациите на притисокот кај двата уреди за шесте услови беше главната променлива што се користеше за валидација. Добиена е одлична усогласеност помеѓу RombergLab и клиничката платформа за одобрена сила (коефициент на корелација внатре-класа = 0,94). Исто така, беше добиен графички заговор за Бланд и Алтман. Изворниот код што се користи за развој на RombergLab беше објавен во термини со отворен код.

Толентино, Херман Марсело, Алвин Марсело, Портија Марамба, Иноченсио

Информативните системи за примарна здравствена заштита базирани во заедницата се еден од градежните блокови за националните здравствени информациски системи. На Филипините, по пренесувањето на здравствената заштита на локалните самоуправи, забележавме „здравствени информатички системски острови“ поврзани со национални вертикални програми што се спроведуваат во доделени здравствени единици. Овие структури водат кон огромна количина „информативна работа“ во трансформацијата на здравствените информации на ниво на заедница. Овој труд ја опишува работата направена за развој и имплементација на Проектот со отворен код за систем за следење на здравствени информации за заедницата (CHITS), кој беше имплементиран за решавање на овој проблем со управувањето со информации и неговите резултати.Неколку лекции научени од оваа област, како и стратегии за развој на софтвер се истакнуваат во изградбата на информациони системи на ниво на заедница што се поврзуваат со здравствените информациски системи на национално ниво. ПМИД: 16779052

Клукас, Кристијан Чен, Дижун Папе, Jeanан-Мишел

Фенотипизацијата со голема пропустливост се појавува како важна технологија за расчленување на фенотипските компоненти кај растенијата. Ефикасна обработка на слика и екстракција на карактеристики се предуслови за да се измери растот и перформансите на растенијата врз основа на фенотипски карактеристики. Прашањата вклучуваат управување со податоци, анализа на слика и визуелизација на резултатите од фенотипски сетови на податоци од големи размери. Тука, ви ја претставуваме Интегрираната платформа за анализа (ИАП), рамка со отворен код за фенотипизација на растенија со висока пропусност. IAP обезбедува кориснички интерфејси и неговите основни функции се многу прилагодливи. Нашиот систем поддржува пренос на податоци од слики од различни средини за стекнување и анализа на слики од големи размери за различни видови растенија врз основа на податоци за сликање во реално време добиени од различни спектри. Поради огромната количина на податоци за управување, ние користевме заедничка структура на податоци за ефикасно складирање и организација на податоците и за влезните податоци и за резултатите. Воведовме метод базиран на блокови за автоматска обработка на слика за да извлечеме репрезентативна листа на фенотипски карактеристики на растенијата. Ние исто така обезбедуваме алатки за вградување на податоци за заговор и извоз на резултати. За валидација на IAP, направивме пример експеримент кој содржи 33 растенија од пченка (Zea mays ‘Fernandez’), кои се одгледуваа 9 недели во автоматизирана стаклена градина со неразрушувачки слики. Потоа, податоците за сликата беа подложени на автоматска анализа со гасоводот од пченка имплементиран во нашиот систем. Откривме дека пресметаниот дигитален волумен и бројот на лисја се во корелација со нашите рачно измерени податоци со голема точност до 0,98 и 0,95, соодветно. Накратко, ИАП обезбедува повеќекратна група функционалности за увоз/извоз, управување и автоматизирана анализа на податоците за фенотипизирање на растенија со висока пропусност, а резултатите од неговата анализа се многу сигурни. ПМИД: 24760818

Во оваа статија Дејвид Вајли дава преглед за тоа како општата експанзија на софтверот со отворен код влијаеше особено на светот на образованието. Притоа, Вајли не само што се осврнува на развојот на софтверски апликации со отворен код за наставници и администратори, тој исто така дискутира за тоа како основната филозофија на отворениот код…

Гичоја, Judуди В Коли, Марк Иванж, Лари Шмит, Тери С Пуркајаста, Саптарши

Развојот со отворен код може да обезбеди платформа за иновации со барање повратни информации од членовите на заедницата, како и обезбедување алатки и инфраструктура за тестирање на нови стандарди. Добавувачите на сопственички системи може да го одложат усвојувањето на новите стандарди с until додека не постојат доволно стимулации како што се законски мандати или финансиски стимулации за да се поттикне/наложи усвојување. Покрај тоа, системите со отворен код во здравството се широко усвоени во земјите со низок и среден приход и може да се користат за да се премостат празнините што постојат во глобалната здравствена радиологија. Од 2011 година, авторите, заедно со заедницата на соработници со отворен код, работеа на развивање на информациски систем за радиологија со отворен код (RIS) во две заедници-Open MRS и LibreHealth. Главната цел на РИС е да ги имплементира работните текови на основната радиологија, на кои другите можат да изградат и тестираат нови стандарди за радиологија. Оваа работа резултираше со три главни изданија на системот, со тековни архитектонски промени поттикнати од промена на технологијата, развој на нови стандарди во здравствената и информатичката слика и промената на потребите на корисниците. Во основата, и двете овие заедници се фокусирани на изградба на ЕХР системи за општа намена, но врз основа на придонесите на корисниците од рабовите, успеавме да создадеме иновативен систем што го користеа болниците и клиниките во четири различни земји. Обезбедуваме преглед на историјата на LibreHealth RIS, архитектурата на системот, преглед на стандардите за интеграција, ги опишуваме предизвиците за развој на производ со отворен код и идните насоки. Нашата цел е да привлечеме повеќе учество и вклученост за понатамошен развој на LibreHealth RIS во Систем за сликање на претпријатија што може да се користи во други клинички слики, вклучувајќи патологија и дерматологија.

Ватсаваи, Раџу Бурк, Томас Е Лајм, Стив

Компонентите што сочинуваат ГИС со отворен код се објаснети во ова поглавје. Серверот за мапи (сек. 30.1) во голема мерка може да се дефинира како софтверска платформа за динамично генерирање на просторно референцирани производи за дигитална карта. Универзитетот во Минесота MapServer (UMN Map Server) е еден таков систем. Неговите основни карактеристики се визуелизација, преклопување и пребарување. Дел 30.2 именува и објаснува многу геопросторни библиотеки со отворен код, како што се ГДАЛ и ОГР. Другите библиотеки се FDO, JTS, GEOS, JCS, MetaCRS и GPSBabel. Примерите за апликација вклучуваат изведени ГИС-софтвери и конверзии на формат на податоци. Квантен ГИС, неговото потекло и неговите апликации подетално објаснети »детално во секта. 30.3. Карактеристиките вклучуваат богат GUI, табели со атрибути, векторски симболи, етикетирање, функции за уредување, проекции, геореференцирање, GPS поддршка, анализа и функционалност на серверот на веб -мапи. Идните случувања ќе се однесуваат на мобилни апликации, 3-Д и мулти-напишување. Потеклото на PostgreSQL е наведено и PostGIS детално се дискутира во секта. 30.4. Го проширува PostgreSQL со имплементирање на стандардот Simple Feature. Дел 30.5 ги опишува најважните лиценци со отворен код, како што се GPL, LGPL, MIT лиценца и BSD лиценца, како и улогата на Creative Commons. «Помалку

Позадина Виртуелната микроскопија вклучува дигитализација на слајдови за хистологија и употреба на компјутерски технологии за сложено истражување на болести како што е ракот. Сепак, автоматската анализа на сликата или објавувањето на вакви дигитални слики на веб -страници е попречена од нивните големи димензии на датотеки. Резултати Развивме две алатки со отворен код базирани на Јава: Snapshot Creator и NDPI-Splitter. Создавачот на слики претвора дел од голем дигитален слајд во JPEG -слика со посакуван квалитет. Сликата е поврзана со клиничките информации и информации за третманот на пациентот во софтвер за управување со податоци со канцер со отворен код (Caisis) што се користи во австралиската банка за рак на дојка (ABCTB), а потоа објавен на веб -страницата на ABCTB (http: //www.abctb .org.au) користејќи технологија со отворен код Deep Zoom. Користејќи го онлајн пребарувачот ABCTB, дигиталните слики може да се пребаруваат со дефинирање на различни критериуми, како што се видот на ракот, или изразени биомаркери. NDPI-Splitter разделува голема датотека со слики на помали делови од слики на TIFF, така што тие можат лесно да се анализираат со софтвер за анализа на слики како што се Метаморф или Матлаб. NDPI-Splitter исто така има капацитет да филтрира празни слики. Заклучоци Snapshot Creator и NDPI-Splitter се нови Java алатки со отворен код. Тие ги претвораат дигиталните слајдови во датотеки со помала големина за понатамошна обработка. Во комбинација со други алатки со отворен код, како што се Deep Zoom и Caisis, овој пакет алатки се користи за управување и архивирање на слики од дигитална микроскопија, овозможувајќи дигитализирани слики да се истражуваат и зумираат преку Интернет. Нашето онлајн складиште за слики, исто така, има капацитет да се користи како наставен ресурс. Овие алатки исто така овозможуваат да се поделат големи датотеки за анализа на слика. Виртуелни слајдови Виртуелните слајдови (и) за оваа статија може да се најдат тука: http://www.diagnosticpathology.diagnomx.eu/vs/5330903258483934 PMID: 23402499

Куши, Матлуб Едвардс, Georgорџина де Маркос, Диего Алонсо Карпентер, Janeејн Е Греам, Dinеј Дини Кларк, Кристин Л.

Виртуелната микроскопија вклучува дигитализација на слајдови за хистологија и употреба на компјутерски технологии за сложено истражување на болести како што е ракот. Меѓутоа, автоматската анализа на слика или објавување на вакви дигитални слики на веб -страници е попречена од нивните големи димензии на датотеки. Развивме две алатки со отворен код базирани на Јава: Snapshot Creator и NDPI-Splitter. Создавачот на слики претвора дел од голем дигитален слајд во JPEG слика со посакуван квалитет. Сликата е поврзана со клиничките информации и информации за третманот на пациентот во софтвер за управување со податоци со канцер со отворен код (Caisis) што се користи во австралиската банка за рак на дојка (ABCTB), а потоа објавен на веб -страницата на ABCTB (http: //www.abctb .org.au) користејќи технологија со отворен код Deep Zoom. Користејќи го онлајн пребарувачот ABCTB, дигиталните слики може да се пребаруваат со дефинирање на различни критериуми, како што е типот на рак, или изразени биомаркери. NDPI-Splitter разделува голема датотека со слики на помали делови од TIFF слики за да може лесно да се анализираат со софтвер за анализа на слики како што се Метаморф или Матлаб. NDPI-Splitter исто така има капацитет да филтрира празни слики. Snapshot Creator и NDPI-Splitter се нови Јава алатки со отворен код. Тие ги претвораат дигиталните слајдови во датотеки со помала големина за понатамошна обработка. Во комбинација со други алатки со отворен код, како што се Deep Zoom и Caisis, овој пакет алатки се користи за управување и архивирање на слики од дигитална микроскопија, овозможувајќи дигитализирани слики да се истражуваат и зумираат преку Интернет. Нашето онлајн складиште за слики, исто така, има капацитет да се користи како наставен ресурс. Овие алатки исто така овозможуваат да се поделат големи датотеки за анализа на слика. Виртуелните слајдови (и) за оваа статија може да се најдат тука: http://www.diagnosticpathology.diagnomx.eu/vs/5330903258483934.

Сантилан, М. М.-М. Сантилан, Ј.Р. Моралес, Е.М. О.

Во овој труд разговараме за развојот, вклучително и карактеристиките и функционалностите, на веб-информации за ширење и аналитички информации за опасност од поплави со отворен код, наречени „Flood EViDEns“. Flood EViDEns е кратенка за „Визуелизација на настани од поплави и проценки на штета“, апликација која беше развиена од Државниот универзитет во Карага за да одговори на потребите на локалните менаџери за катастрофи во регионот Карага во Минданао, Филипини за пристап до навремени и релевантни информации за опасности од поплави пред, за време и по појавата на катастрофи од поплави на ниво на заедница (т.е. барангај и домаќинство). Веб-апликацијата користеше разни технологии за веб-мапирање и визуелизација со слободен/ отворен код (GeoServer, GeoDjango, Open Layers, Bootstrap), разни геопросторни сетови на податоци, вклучително и производи за височина и информации, изведени од LiDAR, хидрометеоролошки податоци и модели на симулација на поплави за да се визуелизираат. разни сценарија за поплави и придружните оштетувања на инфраструктурата. Апликацијата Flood EViDEns го олеснува објавувањето и користењето на оваа информација поврзана со поплавите преку кориснички интерфејс од предниот дел, составен од веб-карта и табели. Јавна верзија на апликацијата може да се пристапи на http://121.97.192.11:8082/. Апликацијата во моментов е проширена за да опфати дополнителни страници во Минданао, Филипини преку „Гео-информатика за систематска проценка на ефектите од поплавите и ризиците за еластичен Минданао“ или програмата „Гео-посигурна Минданао“.

Морисава, Хираку Хирота, Микако Тода, Тосифуса

Позадина Во пост-геномската ера, повеќето истражувачки научници кои работат во областа на протеомиката се соочуваат со тешкотии во управувањето со голем обем на податоци, од кои се бара да ги чуваат во формати соодветни за последователно рударство на податоци. Затоа, добро развиен лабораториски систем за управување со информации со отворен код (LIMS) треба да биде достапен за нивните истражувања за протеомика. Резултати Развивме LIMS со отворен код, соодветно прилагоден за работниот тек на протеомиката базирана на електрофореза во 2-Д гел. Главните карактеристики на неговиот дизајн се компактноста, флексибилноста и поврзувањето со јавните бази на податоци. Поддржува ракување со податоци увезени од софтвер за масена спектрометрија и софтвер за анализа на слика со 2-Д гел. LIMS е опремен со ист влезен интерфејс за 2-Д информации за гел како мапа што може да се кликне на јавни бази на податоци 2DPAGE. LIMS им овозможува на истражувачите да ги следат сопствените експериментални процедури со прегледување на илустрациите на 2-Д гелови карти и распоред на бунари на плочи за варење и плочи со примероци од МС. Заклучок Нашиот нов LIMS со отворен код сега е достапен како основен модел за протеоматска информатика и е достапен за понатамошно подобрување. Се надеваме дека многу научни истражувачи кои работат во областа на протеомиката ќе ги оценат нашите LIMS и ќе предложат начини на кои може да се подобри. ПМИД: 17018156

Харт, Ендрју Ф. Верма, Риши Матман, Крис А.Крихтон, Даниел J.еј Кели, Шон Кинкаид, Хедер Хјуз, Стивен Рамирез, Пол Гудајл, Камерон Антон, Кристен

Во изминатата деценија, лабораторијата за млазен погон на НАСА, во соработка со Универзитетот Дартмут, служеше како центар за информатика за истражувачката мрежа за рано откривање (ЕДРН). EDRN е истражувачки напор со повеќе институции финансиран од Националниот институт за рак на САД (NCI) и има задача да ги идентификува и потврди биомаркерите за рано откривање на рак. Како што расте дистрибуираната мрежа, така се развиваат с formal повеќе формални процеси за стекнување, управување, складирање и дисеминација на хетерогени информации за истражувачки средства, и се појави информатичка инфраструктура. Во овој труд дискутираме за еволуцијата на информатиката EDRN, нејзиниот успех како механизам за дистрибуирана интеграција на информации и потенцијалната одржливост и повторна употреба на придобивките од новите напори да ги направат самите компоненти на платформата со отворен код. Ние го опишуваме нашето искуство со транзиција на голем софтверски систем со затворен код во проект со отворен код управуван од заедницата во софтверската фондација Апачи и укажуваме на научените лекции што ќе ги водат нашите сегашни напори за промовирање на повторна употреба на информатичката инфраструктура EDRN од поширока заедница. .

де Хун, М Ј Л Имото, С Нолан, Ј Мијано, С

Ние имплементиравме групирање на k-means, хиерархиско групирање и самоорганизирање на мапи во една повеќенаменска библиотека со отворен код на рутини C, која може да се повика од други C и C ++ програми. Користејќи ја оваа библиотека, создадовме подобрена верзија на добро познатата програма Кластер на Мајкл Ајзен за Windows, Mac OS X и Linux/Unix. Покрај тоа, ние генериравме Python и Perl интерфејс во библиотеката за групирање C, со што ја комбиниравме флексибилноста на јазикот за скриптирање со брзината на C. Библиотеката за групирање C и соодветниот модул за проширување Python C Pycluster беа објавени под лиценцата за Python, додека модулот Perl Алгоритам :: Кластер беше издаден под Лиценца за уметност. GUI-кодот Cluster 3.0 за Windows, Macintosh и Linux/Unix, како и соодветната програма за командна линија, беа објавени под истата лиценца како и оригиналниот Кластер-код. Целосниот изворен код е достапен на http://bonsai.ims.u-tokyo.ac.jp/mdehoon/software/cluster. Алтернативно, Алгоритам :: Кластерот може да се преземе од CPAN, додека Pycluster е исто така достапен како дел од дистрибуцијата на Биопитон.

Ентропија на трансфер во позадина (ТЕ) е мерка за откривање насочени интеракции. Трансфер ентропија е информатичка теоретска имплементација на Винеровиот принцип на наб observудувачка каузалност. Тој нуди пристап за откривање на невронски интеракции кој е ослободен од експлицитен модел на интеракции. Оттука, тој нуди моќ да ги анализира линеарните и нелинеарните интеракции подеднакво. Ова на пример овозможува сеопфатна анализа на насочени интеракции во нервните мрежи на различни нивоа на опис. Тука ви го претставуваме отворениот код MATLAB алатник TRENTOOL кој му овозможува на корисникот да се справи со значителната сложеност на оваа мерка и да ги потврди добиените резултати користејќи непараметарско статистичко тестирање. Ние ја демонстрираме употребата на кутијата со алатки и перформансите на алгоритмот за симулирани податоци со нелинеарна (квадратна) спојка и за потенцијалите на локалното поле (LFP) снимени од мрежницата и оптичкиот тектум на желката (Pseudemys scripta elegans) каде што е невронски -најверојатно е присутна патна врска. Резултати Во симулираните податоци ТЕ со сигурност го откри протокот на информации во симулираната насока со лажни позитиви кои не ги надминуваат стапките што се очекуваа според нултата хипотеза. Во податоците за LFP најдовме насочени интеракции од мрежницата до тектумот, и покрај комплицираните трансформации на сигналот помеѓу овие фази. Не беа откриени лажно позитивни интеракции во обратен правец. Заклучоци TRENTOOL е имплементација на трансфер ентропија и меѓусебна анализа на информации која има за цел да го поддржи корисникот во примената на оваа теоретска мерка на информации. TRENTOOL е имплементиран како алатник за алатки MATLAB и достапен под лиценца со отворен код (GPL v3). За употреба со нервни податоци, TRENTOOL беспрекорно се интегрира со популарната полето за алатки FieldTrip. ПМИД: 22098775

Линднер, Мајкл Висенте, Раул Присеман, Виола Вибрал, Мајкл

Трансфер ентропија (ТЕ) е мерка за откривање насочени интеракции. Трансфер ентропија е информатичка теоретска имплементација на Винеровиот принцип на наб observудувачка каузалност. Тој нуди пристап за откривање на невронски интеракции кој е ослободен од експлицитен модел на интеракции. Оттука, тој нуди моќ да ги анализира линеарните и нелинеарните интеракции подеднакво. Ова на пример овозможува сеопфатна анализа на насочени интеракции во нервните мрежи на различни нивоа на опис. Тука ви го претставуваме отворениот код MATLAB алатник TRENTOOL кој му овозможува на корисникот да се справи со значителната сложеност на оваа мерка и да ги потврди добиените резултати користејќи непараметарско статистичко тестирање. Ние ја демонстрираме употребата на кутијата со алатки и перформансите на алгоритмот за симулирани податоци со нелинеарна (квадратна) спојка и за потенцијалите на локалното поле (LFP) снимени од мрежницата и оптичкиот тектум на желката (Pseudemys scripta elegans) каде што е невронски -најверојатно е присутна патна врска. Во симулираните податоци, ТЕ откри вештачки проток на информации во симулираната насока со лажни позитиви што не ги надминуваат стапките што се очекуваа според нултата хипотеза. Во податоците за LFP најдовме насочени интеракции од мрежницата до тектумот, и покрај комплицираните трансформации на сигналот помеѓу овие фази. Не беа откриени лажно позитивни интеракции во обратен правец. TRENTOOL е имплементација на трансфер ентропија и меѓусебна анализа на информации која има за цел да го поддржи корисникот во примената на оваа теоретска мерка на информации. TRENTOOL е имплементиран како алатник за алатки MATLAB и достапен под лиценца со отворен код (GPL v3). За употреба со нервни податоци, TRENTOOL беспрекорно се интегрира со популарната полето за алатки FieldTrip.

Пролиферацијата на нуклеарно оружје е голема закана за мирот и стабилноста во светот. Прашањето за зајакнување на режимот за неширење е отворено долго време. Во 1997 година, Одборот на гувернери на Меѓународната агенција за атомска енергија (МААЕ) го усвои Дополнителниот протокол за заштитни мерки. Целта на протоколот е да се зајакне способноста на МААЕ да открие непријавено производство на расипливи материјали во земјите -членки. Меѓутоа, МААЕ не секогаш има доволно човечки и финансиски ресурси за да ја исполни оваа задача. Тука е развиен концепт за користење на човечки и технички ресурси достапни во академијата, што може да се искористи за подобрување на мисијата на МААЕ. Целта на ова истражување беше да се проучи изводливоста на академската заедница користејќи комерцијално или јавно достапни извори на информации и производи со цел откривање на тајни објекти и активности наменети за незаконско набавување на расипливи материјали или производство на нуклеарно оружје.Во оваа студија, достапноста и употребата на комерцијални системи за сателитски слики, комерцијални компјутерски кодови за анализа на сателитски снимки, Меѓународен систем за следење (ИМС) верификација на Сеопфатен договор за забрана за тестирање (CTBT), јавно достапни извори на информации, како што се групи за чувари и извештаи за печатот, и Беа истражени информациите за царинските служби. Исто така, беше развиен систем за интегрирање на овие извори на податоци за да се направат заклучоци. Резултатите докажаа дека јавно и комерцијално достапните извори на информации и анализа на податоци можат да бидат моќна алатка за следење на прекршувањата во меѓународниот режим за неширење на нуклеарно оружје и беше развиена рамка за имплементација на овие алатки во академската заедница. Како резултат на оваа студија, се предлага формирање на Меѓународна академска заедница за мониторинг на неширење (ИНМАК). Ова ќе биде независна организација составена од академици (факултет, персонал и студенти) од двете држави со нуклеарно оружје (NWS) и

Јоналагада, Сидарта Гонзалес, Грациела

BioSimplify е алатка со отворен код напишана на Јава, која воведува и олеснува користење на нов модел за поедноставување реченици подесен за автоматска анализа на дискурсот и екстракција на информации (наспроти поедноставување реченици за подобрување на човечката читливост). Моделот се базира на пристапот „пиштол“ кој произведува многу различни (поедноставни) верзии на оригиналната реченица со комбинирање на варијанти на неговите составни елементи. Оваа алатка е оптимизирана за обработка на биомедицинска научна литература, како што се апстрактите индексирани во PubMed. Ние ја тестиравме нашата алатка за нејзиното влијание врз задачата за извлекување на ППИ и ја подобри f-оценката на алатката ППИ за околу 7%, со подобрување на отповикувањето од околу 20%. Алатката BioSimplify и тест корпусот може да се преземат од https://biosimplify.sourceforge.net.

Воведувањето на отворен код во животните науки с increasingly повеќе се сугерира како алтернатива на патентирањето. Ова е алтернатива, сепак, што ја зема својата форма на пресекот на животните науки и информатиката. Може да се идентификуваат бројни примери каде што отворениот код во животните науки се однесува на пристапот, споделувањето и соработката како информатички практики. Ова вклучува отворен код како експериментален модел и како пософистициран пристап на генетскиот инженеринг. Во првиот дел се дискутира за поголема флексибилност во однос на патентирањето и односот со воведувањето на отворен код во животните науки. Главниот аргумент е дека сопственоста на знаењето во животните науки треба да се преиспита во контекст на централноста на ДНК во информатички формати. Ова е илустрирано со дискусија за голем број примери на модели со отворен код. Вториот дел се фокусира на отворениот код во синтетичката биологија како пример за повторна материјализација на информациите во храна, енергија, лекови и така натаму. Трудот завршува со поставување на прашањето дали може да биде можна друга алтернатива: онаа што гледа на отворен код како модел за алтернатива на комодификацијата на животот, што се подразбира како обид за сеопфатно отстранување на ограничувањата од употребата на ДНК во било кој од неговите формати.

Дискутира за методот на софтвер со отворен код за развој на софтвер и неговата врска со контролата врз информативната содржина. Темите вклучуваат референтни услуги за дигитални библиотечни ресурси за зачувување на правниот и економскиот статус на информатичките технички стандарди пристап до контрола на дигитални податоци за употреба на информации и закони за авторски права и патенти.…

Истрага за моменталната состојба на уметноста на практики за програмирање со отворен код во реално време. Овој документ вклучува какви технологии се достапни, колку е лесно да се добијат, конфигурираат и користат и некои мерки за изведба направени на различни системи. Матрица на продавачи и нивните производи е вклучена како дел од оваа истрага, но ова не е исцрпна листа и претставува само слика од времето во полето што брзо се менува. Поточно, се испитани три пристапи: 1. Целосно отворен код на генерички хардвер, преземен од мрежата. 2. Отворен код спакуван од продавач и обезбеден како бесплатен примерок за евалуација. 3. Комерцијален хардвер со претходно вчитан комерцијален извор достапен софтвер обезбеден од продавачот за наша евалуација.

Хелсенс, Кени Коларт, Никлас Барснес, Харалд Мут, Тило Флика, Кристијан Стајс, Ан Тимерман, Еви Вортелкамп, Штефи Сикман, Алберт Вандекерхов, ëlоел Геварт, Крис Мартенс, Ленарт

Протеомиката базирана на МС произведува големи количини на масени спектри кои бараат обработка, идентификација и можеби квантификација пред да се преземе толкувањето. Студиите со висока пропусност бараат автоматизација на овие различни чекори и управување со податоците во врска со добиените резултати. Тука ви ги претставуваме ms_lims (http://genesis.UGent.be/ms_lims), слободно достапен систем со отворен код базиран на централна база на податоци за автоматизирање на управувањето и обработката на податоците во протеомиката анализа управувана од MS.

Информативниот систем за резервоари е веб -апликација која обезбедува сеопфатни информации за мали резервоари за наводнување во државата Телангана. Како дел од програмата, беше развиена апликација за веб -мапирање користејќи сервер Flex и ArcGIS за да ги направи податоците достапни за јавноста. Со текот на времето, откако Flex стана застарен, беше извршена миграција на интерфејсот на клиентот кон најновите технологии базирани на JavaScript. Првично, апликацијата базирана на Flex беше мигрирана во ArcGIS JavaScript API со помош на Доџо Алатка. Двете клиентски апликации користеа објавени услуги од серверот ArcGIS. За да се провери моделот на миграција од комерцијален до отворен код, апликацијата ArcGIS базирана на JavaScript подоцна беше мигрирана во Отворени слоеви и Доџо алатки кои користеа објавена услуга од Геосервер. Моделот на миграција забележан во студијата особено ја нагласува употребата на Dojo Toolkit и PostgreSQL базата на податоци за серверот ArcGIS, така што миграцијата кон отворен код може да се изврши без напор. Тековната апликација обезбедува случај во студијата што би можел да им помогне на организациите да ги мигрираат нивните сопствени веб-апликации ArcGIS на отворен код. Понатаму, студијата открива придобивки од трошоците за усвојување на отворен код наспроти комерцијален софтвер.

способноста на сите учесници слободно да пристапат до изворниот код и да бидат во тек со напредокот. Не може да има собирање информации на отворен извор. развиен на овој начин зависи од подготвената и сигурна комуникација. Исто како што интернетот ја зголеми способноста на луѓето да разменуваат информации. инвестициите се максимизираат со долга употреба и повторна употреба. Овој процес резултира со системи што ги искористуваат способностите за соработка на своите кориснички развивачи

На Конгресот на EWRI во Канзас Сити, 2009 година, беше даден предлог да се воспостави проект со отворен код (OSP) за широко користената програма за анализа на цевки EPANET. Ова ќе биде тековен заеднички напор меѓу група географски дисперзирани советници и развивачи, воо.

Грција, Алун Робертс, Колин Роџерс, Дејвид Веберли, Вил Инес, Мартин Брејнс, Дејв

Брзата обработка и експлоатација на информации со отворен код, вклучително и извори од социјалните медиуми, со цел да се скратат циклусите на донесување одлуки, се појави како важно прашање во анализата на разузнавањето во последниве години. Преку серија студии на случај и природни експерименти, фокусирани првенствено на сценарија за полициско работење и борба против тероризмот, развивме пристап за собирање информации и обликување на информации за донесување одлуки, потпирајќи се на разузнавачка информација со отворен код, особено Твитер, поради нејзината вистинска фокусирање на времето и честа употреба како носител за врски до други медиуми. Нашата работа користи комбинација од обработка на природен јазик (NL) и контролиран природен јазик (CNL) за поддршка на собирање информации од сензори за луѓе, поврзување и шематизирање на собраните информации и обликување на слики од ситуација. Ние го илустрираме пристапот преку серија вињети, истакнувајќи (1) како релативно лесни и еднократно модели на знаење (шеми) можат брзо да се развијат за да додадат контекст на собраните податоци за социјалните медиуми, (2) како информациите од отворени извори може да се комбинираат со извештаи од доверливи набудувачи, за потврдување или идентификување спротивни информации и (3) како пристапот ги поддржува корисниците што работат на или во близина на тактичкиот раб, за брзо собирање информации и информирање за донесување одлуки. Пристапот е поддржан со нарачана софтверска алатка за анализа на социјалните медиуми и управување со знаење.

Hellman, S. B. Lisowski, S. Baker, B. Hagerty, M. Lomax, A. Leifer, J. M. Thies, D. A. Schnackenberg, A. Barrows, J.

Модернизацијата на информатичката технологија за цунами (ТИМ) е проект на Националната океанска и атмосферска администрација (NOAA) за ажурирање и стандардизирање на системите за следење на земјотрес и цунами што моментално се користат во американските центри за предупредување од цунами во плажата Ева, Хаваи (PTWC) и Палмер, Алјаска (NTWC ). Иако овој проект беше финансиран од NOAA за решавање на одреден проблем, барањата испорачаниот систем да биде и со отворен код и лесно одржлив резултираше со создавање на разновидни софтверски пакети со отворен код (ОС). Софтверот со отворен код сега е завршен и ова е презентација на софтверот за оперативен систем кој е финансиран од NOAA во корист на целата сеизмичка заедница. Дизајнерската архитектура се состои од три различни компоненти: (1) Корисничкиот интерфејс, (2) Системот за собирање и обработка на податоци во реално време и (3) Библиотека за научни алгоритми. Системот следи модуларен дизајн со лабава спојка помеѓу компонентите. Сега ги идентификуваме главните компоненти на проектот. Корисничкиот интерфејс, CAVE, е напишан на Јава и е компатибилен со постојниот графички систем со отворен код AWIPS на Националната метеоролошка служба (NWS). Избраниот сеизмички систем за стекнување и обработка во реално време е со отворен код SeisComp3 (sc3). Сеизмичката библиотека (либсеизмичка) содржи бројни обичајни пишани и завиткани сеизмички алгоритми со отворен код (на пример, ML/mb/Ms/Mwp, големина на мантија (Mm), тензор на момент на w-фаза, тензор на момент на бранови на телото, превртување на конечни грешки, обработка на низи ). Сеизмичката библиотека е организирана на начин (именување и употреба на функција) што ќе им биде познат на корисниците на Матлаб. Сеизмичката библиотека го проширува sc3 така што може да се нарече со систем во реално време, но исто така може да се вози и тестира надвор од sc3, на пример, од ObsPy или Earthworm. За да ги обединиме трите главни компоненти, развивме флексибилен и лесен комуникациски слој наречен SeismoEdex.

Стамелос, Јоанис Какаронцас, Georgeорџ

Претходните поглавја во оваа книга се занимаваа со управување со архитектонско знаење во традиционални проекти софтвер со затворен извор (CSS). Ова поглавје ќе се обиде да ги испита начините на кои знаењето се споделува меѓу учесниците во проектите за слободен софтвер со отворен код (FLOSS 1) и како се управува со архитектонското знаење w.r.t. CSS. FLOSS проектите се организираат и развиваат на фундаментално различен начин од проектите на CSS. FLOSS проектите едноставно не развиваат код како што прават CSS проектите. Како последица на тоа, нивните механизми за управување со знаење, исто така, се засноваат на различни концепти и алатки.

Како што микроскопијата станува с increasingly поавтоматизирана и сликата се проширува во просторните и временските димензии, алатките за квантитативна анализа за флуоресцентни слики стануваат критични за да се отстранат и тесните грла во пропусната моќ, како и целосно да се извлечат и искористат информациите содржани во сликата. Во последниве години имаше наплив на активности во развојот на алатки и методи за анализа на био-слика со резултат што сега има многу висококвалитетни, добро документирани и добро поддржани проекти за анализа на био-слика со отворен код со големи кориснички бази кои опфаќаат во суштина секој аспект од снимање слика до објавување. Овие решенија со отворен код сега обезбедуваат остварлива алтернатива за комерцијалните решенија. Уште поважно, тие формираат интероперабилна и меѓусебно поврзана мрежа на алатки кои овозможуваат споделување податоци и методи за анализа помеѓу многу од големите проекти. Исто како што истражувачите го градат, пренесуваат и потврдуваат знаењето преку објавување, методите за анализа со отворен код и софтверот создаваат основа што може да се изгради, пренесе и провери. Овде опишуваме многу од главните проекти, нивните способности и карактеристики. Исто така, даваме преглед на моменталната состојба на софтвер со отворен код за анализа на флуоресцентна микроскопија и многуте причини за користење и развој на методи со отворен код. Авторски права © 2012 Elsevier Inc. Сите права се задржани.

Стромбек, Л. Перс, Ц. Изберг, К. Нистрим, К. Архајмер, Б.

Моделот Хидролошки предвидувања за животната средина (HYPE) е динамичен, полу-дистрибуиран, интегриран модел заснован на процеси. Ги користи добро познатите хидролошки концепти и транспорт на хранливи материи и може да се примени и за мали и за големи проценки на водните ресурси и статус. Во моделот, пејзажот е поделен на класи според типот на почвата, вегетацијата и надморската височина. Застапеноста на почвата е стратификувана и може да се подели до три слоја. Водата и супстанциите се пренесуваат низ истите патеки и складишта (снег, почва, подземни води, потоци, реки, езера) со оглед на превртувањето и трансформацијата на патот кон морето. HYPE успешно се користи во многу хидролошки апликации на SMHI. За Европа, во моментов имаме три различни модели Моделот S-HYPE за Шведска Моделот BALT-HYPE за Балтичкото Море и моделот E-HYPE за цела Европа. Овие модели симулираат хидролошки услови и хранливи материи за нивните области и се користат за карактеризација, прогнози и анализи на сценарија. Податоците за моделот може да се преземат од hypeweb.smhi.se. Покрај тоа, ние обезбедуваме модели за Арктичкиот регион, Арапскиот (Блискиот Исток и Северна Африка) регионот, Индија, сливот на реката Нигер, басенот Ла Плата. Ова ја покажува применливоста на моделот HYPE за моделирање во големи размери во различни региони во светот. Важна цел со нашата работа е да ги направиме нашите податоци и алатки достапни како отворени податоци и услуги. За таа цел ја создадовме HYPE Open Source Community (OSC) која го прави изворниот код на HYPE достапен за секој заинтересиран за понатамошен развој на HYPE. HYPE OSC (hype.sourceforge.net) е иницијатива со отворен код под Јавна лиценца за помал GNU земена од SMHI за зајакнување на меѓународната соработка во хидролошкото моделирање и производство на хидролошки податоци. Хипотезата е дека повеќе мозоци и повеќе тестирања ќе резултираат со подобри модели и подобар код. Кодот е транспарентен и може да се промени

Локатели, Паоло Бај, Емануеле Рестифо, Никола Ориги, ianани Брагагија, Силвија

Отворениот код е с unex уште неискористена шанса за здравствените организации и давателите на технологија да одговорат на зголемената побарувачка за иновации и да се приклучат на економски придобивки со нов начин на управување со болнички информациски системи. Ова поглавје ќе го претстави случајот со веб -претпријатие клинички портал развиен во Италија од болницата Нигуарда во Милано со поддршка на Фондационе Политечнико ди Милано, за да се овозможи средина без хартија за клинички и административни активности во одделението. Ова претставува и еден редок случај на технологија со отворен код и повторна употреба во здравствениот сектор, бидејќи преносот на системот сега се одвива во Невролошкиот институт Беста во Милано. Овој институт го прилагодува порталот за да ги нахрани истражувачите со структуирани клинички податоци собрани во записите за пациенти на неговиот портал, за да можат да се анализираат, на пример, преку алатки за деловна интелигенција. Истражени се и организациските и клиничките предности, од следење на процесот, до структуирање на семантички податоци, до препознавање на вообичаените обрасци во процесите на грижа.

Веб -прелистувачот обезбедува единствен кориснички интерфејс за различни типови информации. Да се ​​направи овој интерфејс универзално достапен и поинтерактивен е долгорочна цел која сеуште е далеку од постигната. Универзално достапните прелистувачи бараат нови начини на интеракција и дополнителни функционалности, за кои постојните прелистувачи имаат тенденција да обезбедат само делумни решенија. Иако функционалноста за пристапност до веб може да се најде како компоненти со отворен код и слободен софтвер, нивната повторна употреба и интеграција е сложена затоа што се развиени во различни опкружувања за имплементација, следејќи ги стандардите и конвенциите некомпатибилни со Интернет. За решавање на овие проблеми, започнавме неколку активности кои имаат за цел да го искористат потенцијалот на софтвер со отворен код за пристапност до Интернет. Првата од овие активности е развојот на Adaptable Multi-Interface COmmunicator (AMICO): WEB, инфраструктура која олеснува ефикасна повторна употреба и интеграција на компонентите софтвер со отворен код во веб-околината. Главниот придонес на AMICO: WEB е во овозможување на синтаксичка и семантичка интероперабилност помеѓу механизмите за веб -екстензии и разновидните механизми за интеграција што се користат од компонентите со отворен код и слободен софтвер. Неговиот дизајн се базира на нашите искуства во решавањето практични проблеми каде што користевме компоненти со отворен код за да ја подобриме пристапноста на веб -апликациите со богати медиуми. Втората од нашите активности вклучува подобрување на образованието, каде што ја искористивме нашата платформа за да ги научиме студентите како да градат напредни решенија за пристапност од разновиден софтвер со отворен код. Ние сме исто така делумно вклучени во неодамна започнатите проекти за затемнување наречени Рамка за алатки за пристапност (ACTF), чија цел е развој на проширлива инфраструктура, врз основа на која програмерите можат да изградат разновидни комунални услуги што помагаат да се оцени и зголеми пристапноста на апликациите и содржината за лица со попреченост. Во оваа статија накратко известуваме за овие активности.

Софтверот со отворен код никогаш нема да постигне сеприсутност. Постојат средини во кои едноставно не цвета. По својата природа, развојот со отворен код бара бесплатна размена на идеи, вклучување на заедницата и напори на талентирани и посветени поединци. Сепак, притисоците можат да дојдат од неколку извори кои го спречуваат тоа да се случи. Покрај тоа, отвореноста и сложените прашања за лиценцирање покажуваат злоупотреба и злоупотреба. Мора да се внимава да се избегнат замките на софтверот со отворен код.

Ouоу, Стивен iyијинг Гилани, Сајед Омер Винклер, Стефан

Мобилните телефони еволуираа од пасивен уред за комуникација еден до еден во моќен рачен компјутерски уред. Денес повеќето нови мобилни телефони се способни да снимаат слики, да снимаат видео и да пребаруваат на Интернет и прават многу повеќе. Се појавуваат нови возбудливи социјални апликации на мобилниот пејзаж, како што се читачи на визит -картички, детектори за пеење и преведувачи. Овие апликации им помагаат на луѓето брзо да ги соберат информациите во дигитален формат и да ги толкуваат без потреба да носат лаптопи или таблет компјутери. Меѓутоа, со сите овие достигнувања, наоѓаме многу малку софтвер со отворен код достапен за мобилни телефони. На пример, во моментов има многу OCR мотори со отворен код за десктоп платформа, но, според нашите сознанија, ниту еден не е достапен на мобилната платформа. Одржувајќи го ова во перспектива, предлагаме комплетен систем за откривање и препознавање текст со способност за синтеза на говор, користејќи постоечка технологија за работна површина. Во оваа работа, ние развивме комплетна OCR рамка со потсистеми од работна заедница со отворен код.Ова вклучува популарен OCR мотор со отворен код, наречен Tesseract за откривање и препознавање текст и модул за синтеза на говор Flite, за додавање способност за текст во говор.

Стромбук, Лена Архајмер, Берит Перс, Шарлота Изберг, Кристина

Моделот Хидролошки предвидувања за животната средина (HYPE) е динамичен, полу-дистрибуиран, интегриран модел заснован на процеси (Lindström et al., 2010). Ги користи добро познатите хидролошки концепти и транспорт на хранливи материи и може да се примени и за мали и за големи проценки на водните ресурси и статус. Во моделот, пејзажот е поделен на класи според типот на почвата, вегетацијата и надморската височина. Застапеноста на почвата е стратификувана и може да се подели до три слоја. Водата и супстанциите се пренесуваат низ истите патеки и складишта (снег, почва, подземни води, потоци, реки, езера) со оглед на превртувањето и трансформацијата на патот кон морето. Во Шведска, моделот се користи од водните власти за исполнување на Рамковната директива за вода и Рамковната директива за поморска стратегија. Се користи за карактеризација, прогнози и анализи на сценарија. Податоците за моделот може бесплатно да се преземат од три различни HYPE апликации: Европа (www.smhi.se/e-hype), басенот на Балтичкото Море (www.smhi.se/balt-hype) и Шведска (vattenweb.smhi.se) HYPE OSC (hype.sourceforge.net) е иницијатива со отворен код под Јавна лиценца за помал GNU земена од SMHI за зајакнување на меѓународната соработка во хидролошкото моделирање и производство на хидролошки податоци. Хипотезата е дека повеќе мозоци и повеќе тестирања ќе резултираат со подобри модели и подобар код. Кодот е транспарентен и може да се промени и да се научи од него. Новите верзии на главниот код ќе се испорачуваат често. Главната цел на HYPE OSC е да обезбеди јавен пристап до најсовремен оперативен хидролошки модел и да ја поттикне хидролошката експертиза од различни делови на светот да придонесе за подобрување на моделот. HYPE OSC е отворен за сите заинтересирани за хидрологија, хидролошко моделирање и развој на кодови - на пр. научници, власти и консултантски услуги. Заедницата со отворен код HYPE беше иницирана во ноември 2011 година со почеток и работилница со 50 желни учесници

Комерцијалните софтверски проекти со отворен код се софтверски проекти со отворен код, кои се во сопственост на една фирма, која изведува директен и значителен приход од софтверот. Комерцијалниот отворен код на прв поглед претставува економски парадокс: Како може фирмата да заработи пари ако го прави својот производ бесплатно достапен како отворен код? Овој труд ги претставува основните својства на комерцијалните деловни модели со отворен код и дискутира како тие функционираат. Користејќи комерцијален пристап со отворен код, фирмите можат да излезат на пазарот побрзо со супериорен производ по пониска цена отколку што е можно за традиционалните конкуренти. Трудот покажува како овие придобивки се собираат од ангажирана и самоодржлива корисничка заедница. Немајќи претходна сеопфатна референца, овој труд се базира на анализа на јавни изјави од практичари на комерцијални софтвер со отворен код. Ги кова различните анегдоти во кохерентен опис на стратегиите за генерирање приходи и релевантни деловни функции.